A l’origine le village est appelé FONTANÆ  à cause de la présence de nombreuses sources sur le territoire. Guillaume "Longue Epée", Duc de Normandie, est seigneur du lieu.

Le nom Fontaine apparaît dans un acte de cession d’un moulin par Raoul de TOSNY à l’abbaye de Conches.

Fontaine-sous-Jouy apparaît pour la première fois dans une charte rédigée par Amaury VI de Montfort, Comte d’Evreux, citant Raoul de Fontaine sous Jouy.

Le curé HELTON hérite du village qui appartient ensuite aux familles : de POISSY, de LÉON, de TILLAY, de BEAUVILLIERS, de LA HAYE, de BASSOMPIERRE, de MARCHIS, de LANGLES.

Bâti initialement au X^ème siècle le château de LA RONCE, après plusieurs incendies, fut reconstruit au XVII^ème siècle  sur un domaine qui appartenait à la famille de LA RONCE depuis le XII^ème siècle. LE NOTRE, jardinier du roi Louis XIV, dessine le parc. BOSSUET, prédicateur et écrivain, y séjourna en octobre 1696.

Pendant la Révolution l’église devient une salpêtrière.
Cette église date du 16^ème siècle. Elle fut consacrée à la Sainte Vierge en 1541. En 1828, une cloche  nommée Charles-Françoise est mise en place. Elle sera électrifiée en 1987. Le presbytère est vendu en 1932.

Le 19 mai 1865, le conseil municipal et les membres les plus imposés de la commune décident de la construction d'une maison-école avec mairie, d'une remise pour la pompe à incendie et d'un lavoir public. Ce dernier est inauguré en 1870.
Cette maison commune sera rénovée en 1998 et les nouveaux locaux de la mairie inaugurés en mai.

Un train dans la vallée : la Compagnie du Chemin de Fer de l’Ouest met en exploitation la ligne Orléans - Rouen  et construit la gare Chambray-Fontaine.
Le service voyageur fonctionnera sur cette ligne jusqu'en 1951. Elle sera définitivement fermée en 1989.
Depuis 1993, une association de bénévoles passionnés fait revivre la gare de Pacy et 25km de voies entre Bueil et La Croix-Saint-Leufroy.

L’autorité militaire a réquisitionné des parcelles pour installer un camp de «dépôt de prisonniers de guerre allemands». Ce camp était situé sur les terrains de Beauregard. En janvier 1919, on dénombre plus de 2000 prisonniers. Ils étaient employés dans les fermes et entreprises de la région.

Le nombre d’habitants s’élevait à 270. Avec l’évolution du monde agricole et l’émergence de l’activité industrielle au cours du 19ème siècle, la population de Fontaine a décru de façon continue jusqu’au milieu du 20ème siècle avant de retrouver une croissance importante :
560 habitants en 1800, 270 en 1936,  412 en 1954
…et 871 en 2014.

Dernier débordement de la rivière d'Eure...
La vie des Jovifontains est parfois perturbée  par les inondations qui envahissent le village.
Janvier 1841 (crue centennale de référence), février 1881, novembre 1930, décembre 1966, février 1979, janvier 1995, décembre 1999/janvier 2000 et mars 2001.
D'importants travaux et mesures de régulation ont permis, depuis, de nous préserver de ces catastrophes mais la vigilance reste de mise.

Depuis sa création, Fontaine est un village agricole : à la fin du 19^ème siècle, un moulin et 35 fermes sont en exploitation. Outre la culture céréalière et l’élevage, nous trouvons 7 ha de vigne et 4 000 pommiers. Un siècle plus tard, 2 exploitations céréalières subsistent : La ferme des Oriots et la ferme du Plancher. Avec 298 hectares,  l'agriculture utilise aujourd'hui 40% du territoire communal constitué par ailleurs de 217 hectares de bois et landes, et 218 hectares urbanisés.